Наибольшая проблема состояла в разности подходов и устремлений стран участников ЕС по вопросам реформирования Союза. Наиболее сложными являлись такие вопросы, как создание общего органа власти Союза, наделённого существенно большими полномочиями, чем ныне действующая Еврокомиссия, процедуры голосования в нём, а также создание общей судебно-правовой системы.
Серьезное сопротивление новому договору в первичном его варианте оказывали Польша и Великобритания. Официальная Варшава выступала категорически против предложенной в проекте соглашения так называемого принципа двойного большинства, заложенного в систему голосования по принятию решений в ЕС. Согласно этому принципу, каждое государство Евросоюза должно было получить такое количество голосов, которое является пропорциональным численности его населения. Это означает, что Польшу по голосам обойдут Франция, Великобритания, Италия, а Германия превзойдёт её примерно вдвое. Решение будет считаться принятым, если за него проголосовали 55% государств, в которых проживает не менее 65% населения Европейского Союза. Принцип двойного большинства позволил бы большим странам проводить в жизнь решения, зачастую не оглядываясь на маленькие государства. Поляки предлагали вместо этого за основу принять другой, так называемый принцип квадратного корня, который позволил бы сохранить интересы небольших стран, а также не ущемить права стран-великанов ЕС.
Канцлер Германии Ангела Меркель, которая председательствовала на саммите, в его преддверии провела встречи с лидерами Польши и Чехии, во время которых она безуспешно пыталась переубедить своих восточноевропейских коллег изменить свою позицию. О непоколебимости позиции поляков свидетельствовало последнее сенсационное заявление президента Польши Леха Качиньского, высказанное в интервью газете «The Times» накануне мероприятия о том, что его страна не собирается отступать от своих принципов и готова даже сорвать саммит, чем согласится на менее выгодный для нее проект нового договора Евросоюза.
Немалые претензии к новому договору были и у Великобритании. Теперь уже экс-премьер-министр страны Тони Блер заявил, что принятие нового общеевропейского договора его страной возможно только в том случае, если ее положения будут отвечать британским требованиям.
«Мы не намерены подписываться под договором, который хоть в какой-то степени сможет изменить наши британские законы. Кроме того, мы не согласимся с тем, что сможет повлиять на нашу внешнюю политику или, в той или иной степени, уменьшит роль нашего Министерства иностранных дел. Более того, мы не намерены менять и нашу судебную систему», - заявил британский премьер.
Следует напомнить, что 27 июня Тони Блер ушел с поста премьер-министра Великобритании, и ему прочат пост президента Европейского Союза. В связи с этим, сильную поддержку Блеру оказывает новоизбранный французский президент Николя Саркози. Французский лидер перед саммитом уже обсуждал со своими европейскими коллегами идею выдвижения кандидатуры Блера на европейское президентство. Проблемной для британского премьера будет поддержка таких стран, как Италия и Испания, выступающих против войны в Ираке. Против него сыграет также нежелание Великобритании ввести единую европейскую валюту евро.
В ходе сложных многочасовых переговоров, которые вышли далеко за установленные часовые рамки и закончились только под утро второго дня саммита, лидеры европейских стран показали высокую степень стремления к компромиссу по большинству вопросов. Так, было достигнуто взаимоприемлемое решение о том, что действующая ныне система подсчёта голосов при принятии решений будет продолжать действовать до 2014 года, затем будет введён 3-х годичный переходный период, и уже с 2017 года вступит в силу новая система голосования двойного большинства.
Ждут кардинальные изменения и основополагающие документы Евросоюза. Участники саммита согласились в необходимости в конце этого года созвать специальную межправительственную конференцию для внесения изменений в два основополагающих соглашения ЕС - Соглашения о Европейском Союзе, подписанного в 1992 году в Маастрихте, и Римского Соглашения о создании Европейского Содружества от 1957 года. Решением саммита открыта дверь для вступления в Союз новых членов, что является весьма важным и благоприятным фактором для Украины. Предполагается, что в будущем процедура вступления будет даже облегчена и выполнение «вступительных» Копенгагенских критериев не будет обязательным условием для вступления оно лишь будет «приниматься во внимание» при принятии окончательного решения.